I treni FFS sono azionati dall'energia elettrica e pertanto non producono emissioni dannose per l'atmosfera. L'inquinamento dell'aria deriva esclusivamente dagli scarichi del riscaldamento degli edifici, dalle locomotive a gasolio e dalle polveri fini prodotte dallo sfregamento di ruote, freni e rotaie.

Grazie all'elettrificazione i treni merci e viaggiatori delle FFS possono circolare praticamente senza emettere sostanze inquinanti. L'unica eccezione è costituita dalle polveri fini che negli ultimi anni hanno attirato in misura crescente l'attenzione degli esperti, perché possono penetrare in profondità nelle vie respiratorie e nei polmoni.

Polvere di ferro.

Dagli studi scientifici risulta che le FFS generano ogni anno circa 1000 tonnellate di polveri fini, che corrispondono approssimativamente al tre per cento del volume totale di polveri fini della Svizzera. Le polveri fini emesse e sollevate dai treni sono composte essenzialmente da particelle di ferro prodotte dallo sfregamento di ruote, freni e rotaie.

Sebbene l'esercizio ferroviario produca una quantità considerevole di polveri fini, queste hanno una composizione e una dimensione che le rendono meno dannose per la salute rispetto alle polveri fini emesse ad esempio dalla combustione del gasolio, che sono cancerogene.

I rilevamenti effettuati hanno dimostrato che anche sulle tratte a circolazione più intensa il traffico ferroviario emette nell'atmosfera appena 1,5-2 microgrammi di polveri fini per metro cubo. Il valore limite stabilito è di 20 microgrammi. Qualora l'inquinamento da polveri fini dovesse aumentare risulterebbe pertanto pressoché inutile chiudere le tratte ferroviarie. Al contrario, il costante incremento del traffico stradale fa aumentare a dismisura la concentrazione di polveri fini nell'aria.

Filtri antiparticolato.

Al fine di ridurre la quantità di fuliggine immessa nell'atmosfera dalle locomotive diesel impiegate per il servizio di manovra e la manutenzione delle linee, dal 2004 le FFS utilizzano esclusivamente locomotive diesel dotate di filtri antiparticolato. Attualmente circa l'80 per cento della potenza installata o il 75 per cento dei veicoli è stato dotato di filtri antiparticolato (2011). I veicoli destinati a rimanere ancora a lungo in servizio verranno equipaggiati di conseguenza. In Europa le FFS sono all'avanguardia in questo campo.