Dotés d'objectifs clairs, les CFF mènent une gestion environnementale globale. Les projets de construction bénéficient d'un suivi écologique de bout en bout.

Le Centre environnemental ferroviaire est responsable de la gestion de l'environnement. Il s'occupe essentiellement des thématiques environnementales interdivisionnelles et novatrices. Au sein des différentes divisions, plus de trente spécialistes traitent les questions environnementales dans le cadre des projets de construction, de la réduction du bruit, de la décontamination des sites pollués ou de l'entretien du matériel roulant.

En optant pour un management environnemental, les CFF tentent de réduire l'incidence de leur activité en termes de bruit, de consommation d'énergie, de déchets, etc. Ils assurent également un management environnemental et de projet global. Les spécialistes évaluent tous les projets de construction des CFF, de la planification à la réalisation, et parfois même au-delà. Chaque année, plus de 350 projets bénéficient d'un suivi écologique dans leurs différentes phases. Les CFF placent donc l'environnement au cœur de leurs préoccupations dans le cadre de leurs projets de construction.

Soucieux de piloter et de surveiller avec une efficacité accrue la prestation environnementale dans l'ensemble du groupe, les CFF prévoient l'introduction d'un système de management environnemental global à l'horizon 2015. En 2010, ils ont franchi une première étape majeure, à savoir l'introduction et la certification selon la nombre ISO 14001 d'un système de management environnemental à l'échelle du groupe. Ce système regroupe l'ensemble des systèmes actuellement en place dans l'entreprise, notamment chez Operating Voayageurs et au Centre technique ferroviaire d'Infrastructure, à Hägendorf, qui ont tout deux vu leur certification reconduite en 2010.